L'organisation institutionnelle de la CICOS est de type classique. Elle est composée de:

• un Comité des Ministres (Organe décisionnel), composé des Ministres chargés de la navigation intérieure et des Ministres en charge de la gestion des ressources en eau, qui a pour mission de définir la politique d'aménagement et d'exploitation des cours d'eau du Bassin ;

• un Comité de Direction (Organe d'avis) chargé de préparer les délibérations du comité des Ministres. Le Comité de Direction comprend les représentants des Etats dont un responsable de l'administration des transports fluviaux, un responsable des exploitants fluviaux, un expert en eau ;

• un Secrétariat Général (Organe d'exécution) chargé de la mise en œuvre des politiques destinées à assurer la sécurité de la navigation et la protection de l'environnement, élaborées par le Comité des Ministres.

Le Secrétariat Général est dirigé par un Secrétaire Général assisté par quatre directeurs. Il anime une équipe légère composée de treize (13) cadres permanents et d'un personnel d'appui, tous recrutés selon les procédures en vigueur dans les organismes à caractère international et tenant compte des équilibres géographiques des Etats membres.

Organigramme du Secrétariat Général de la CICOS